Sông Pasig nói chung chảy theo hướng tây bắc với chiều dài 25 kilômét (15,5 dặm) từ Laguna de Bay, hồ lớn nhất Philippines, đến vịnh Manila, nằm ở phần phía nam của đảo Luzon. Từ hồ, sông chảy qua Taguig, và Taytay, Rizal, trước khi tiến vào thành phố Pasig. Đoạn này của sông Pasig, cho đến nơi hợp lưu với sông Marikina, được gọi là sông Napindan hay kênh Napindan. Từ đó, sông tạo thành ranh giới tự nhiên giữa thành phố Makati ở phía nam và thành phố Pasig, sau đó là thành phố Mandaluyong ở phía bắc. Sông Pasig sau đó đột ngột đổi hướng sang đông bắc, và trở thành ranh giới giữa Mandaluyong và Manila trước khi quay trở lại hướng tây, hợp lưu với mộtc hi lưu khác là sông San Juan, và sau đó chảy quanh co qua trung tâm Manila trước khi đổ ra vịnh.

Toàn bộ chiều dài sông và hầu hết các phần chi lưu của nó đều nằm trong Vùng đô thị Manila. Isla de Convalescencia (14°35′26″B 120°59′20″Đ / 14,59056°B 120,98889°Đ / 14.59056; 120.98889), là hòn đảo duy nhất nằm trên sông Pasig, có thể trông thấy nó tại Manila và đó cũng là nơi đặt Hospicio de San Jose.